Cơ cấu tổ chức bộ máy quản lý và điều hành Quỹ gồm:
1) Hội đồng quản lý Quỹ: gồm 7 thành viên, là Chủ tịch, Phó chủ tịch và các thành viên Hội đồng quản lý Quỹ. Là cơ quan cao nhất quản lý, theo dõi các hoạt động của Ban Điều hành Quỹ;
2) Ban Kiểm soát: Gồm 3 thành viên, là cơ quan giúp việc cho Hội đồng Quản lý Quỹ, kiểm soát các hoạt động nghiệp vụ của Ban Điều hành Quỹ;
3) Ban Điều hành Quỹ: Gồm giám đốc, Phó giám đốc, Kế toán trưởng và 2 phòng chuyên môn và nghiệp vụ Quỹ. Là cơ quan điều hành các hoạt động thường xuyên của Quỹ.